- Am 8. September 1875 errichtete der hl. Arnold Janssen sein erstes Missionshaus in Steyl an der Maas in Holland. Schrittweise baute er diese Gründung zum Missionsorden „Societas Verbi Divini“ („Gemeinschaft des göttlichen Wortes“, Ordensabkürzung SVD) aus. Das Werk wuchs sehr schnell und schon 1878 schickte Arnold Janssen erste Missionare, darunter den hl. Josef Freinademetz aus Südtirol, nach China. Das Missionshaus St. Rupert in Bischofshofen war die letzte Gründung, die 1904 Arnold Janssen noch persönlich durchführen konnte.
- Die Kloster-Anlage mit Patres-Haus, Internat, Betrieben und Werkstätten für die Brüder entstand in den Jahren 1906 -1912. Die heutige neobarocke Kirche wurde zum 25-Jahr-Jubiläum der Klostergründung in den Jahren 1926-1929 nach Plänen des Architekten Fischer aus Werfen errichtet und am 16. Juni 1929 geweiht. Der Innenraum der großzügig angelegten Kirche ist der St. Anna-Basilika in Altötting nachempfunden und der Kirchturm hat sein bauliches Vorbild in der Stiftskirche St. Peter in Salzburg.
- Während der Nazidiktatur wurde das Internat aufgelöst und das Missionshaus enteignet. Von März bis September 1945 diente das Missionshaus als Militärlazarett. Davon zeugt noch heute ein Lazarettfriedhof mit ca. 100 Gräbern. Schon im Oktober 1945 wurde der Internatsbetrieb wieder aufgenommen. Ab dem Jahre 1970 wurden auch externe Schüler zugelassen. Im Jahre 1988 wurde das Internat geschlossen und Mädchen in die Schule aufgenommen. Die elf Patres und Brüder, die heute in St. Rupert leben, führen ein angesehenes katholisches Privat-Gymnasium mit ca. 400 Schülerinnen und Schülern mit einer zeitgemäßen Schulpastoral.
