- Um 790 wird der Ort „ad mvln“ erstmals erwähnt, am 1. Mai 1148 weihte Erzbischof Eberhard I. (1147-1164) hier eine romanische Kapelle zu Ehren U. L. Frau. Erzbischof Johann II. von Reisberg begann 1439 mit dem spätgotischen Kirchenneubau, der 1453 geweiht wurde. Kardinal Burkhard von Weißpriach trennte 1461 die Filiale Mülln von der Dompfarre und errichtete 1465 ein Kollegiatstift, das im 16. Jh. an Bedeutung einbüßte. Erzbischof Wolf Dietrich von Raitenau (1587-1612) berief 1605 aus München den Bettelorden der Augustiner-Eremiten und übertrug ihm die Stadtpfarre und das Kollegiatstift samt seinen Filialen in Maxglan und Salzburghofen (Freilassing). Als zweiter Gründer ließ er ein neues Klostergebäude errichten und erweiterte die Kirche durch den Anbau von drei Kapellen, die als Mausoleen für seine Brüder gedacht waren, und einer Sakristei. Das Müllner Kloster gehörte ursprünglich der Bayerischen Provinz an, aber seit 1679 bildete sich unter Prior P. Johannes B. Maralt OSAE eine eigene Tirol-Salzburger Provinz. Die bayerische Art Bier zu
Gotische Pietà des 14. Jhs. in der barocken Schmerzkapelle © A. Hahnl brauen fand 1621 in Mülln Eingang. Als Erzbischof Hieronymus Colloredo (1772-1803/12) die Müllner Augustiner-Eremiten von der Pfarrseelsorge entband, begann der Abstieg der Tirol-Salzburger Provinz, der 1835 damit endete, dass Erzbischof Augustin Gruber das Müllner Kloster der Benediktinerabtei Michaelbeuern übergab, die es seither durch ihre Mönche betreut.
- Die Peter Harperger zugeschriebene spätgotische Saalkirche erfuhr barocke Veränderungen durch den Anbau dreier Kapellen (bis 1610), die Adaptierung der Turmkapelle, den Anbau einer doppelachsigen Fassade mit Prozessionstreppe 1708/09, die Errichtung der Pietà-Kapelle und der neuen Sakristei. 1735-1738 wurde ein Holzschalgewölbe eingezogen und von Christoph Fenninger stuckiert. Nach Plänen Vinzenz Fischers entstand 1758/60 der heutige Hochaltar, der die gotische Gnadenstatue von Jakob Kaschauer birgt.
Historische Innenansicht der Müllner Kirche um 1610 mit den Raitenauer Grabkapellen und dem gotischen Hochaltar © A. Hahnl Erwähnenswerte Einzelkunstwerke sind das Seitenaltarbild des hl. Johannes a San Facundo von Johann Michael Rottmayr (1690), der Altar in der Turmkapelle zu Ehren der Mutter vom guten Rat zu Genazzano (Brüder Hagenauer 1766), zwei Altargemälde des Martin Johann Schmidt (1769), ein Pietà-Bild des Paul Troger in der Dreifaltigkeitskapelle sowie die 1738 von Johann Georg Hitzl gestaltete Rokoko-Kanzel. Das Egedacher-Werk der hochbarocken Orgel wurde 2003 rekonstruiert.
Barocke Monstranz mit dem Schmucklegat der Salome Alt von Altenau, Augsburg. Anfang 18. Jahrhundert © A. Hahnl