Abtei, deren Erneuerung im hohen Mittelalter die bedeutendsten Familien des Salzach-Inn-Landes betrieben. Nach der glanzvollen Neuweihe der romanischen Pfeilerbasilika am 18. Juli 1072 durch den Patriarchen Sighard von Aquilea und Erzbischof Gebhard von Salzburg existierte Michaelbeuern als adeliges Doppelkloster.
Unter Abt Walther (1161-1190) erlebte Michaelbeuern eine Blüte; er erwarb die nach ihm benannte (heute unvollständige) Riesenbibel, die um 1140 geschrieben wurde. Zunehmend übernahmen nun die Mönche den Seelsorgsdienst in den umliegenden Gemeinden, wie auch in Seewalchen am Attersee, in Obersulz und in Wien-Währing, wo noch heute ein Ortsteil am Gürtel nach dem Kloster benannt ist. Schon im 13. Jh. lässt sich eine Konventschule quellenmäßig nachweisen, die später auch Sängerknaben ausbildete.
Krisenzeiten, verursacht durch Elementarkatastrophen, wie den Brand des Jahres 1364, durch Misswirtschaft in der Pfründenvergabe und durch die Auswirkung der Reformation, als der Konvent nur mehr 3 Mönche umfasste, wurden nur kurzfristig durch Phasen des Aufschwungs unterbrochen, wie sie auf die Durchführung der Melker Klosterreform unter Abt Georg (1440 – 1472) folgten.

Bautätigkeiten niederschlug. An die fünfundzwanzig Mönche dozierten an der Benediktineruniversität Salzburg. Bedeutende Künstler der damaligen Zeit, der Bildhauer Meinrad Guggenbichler und der Maler Johann Michael Rottmayr, schufen den weitum bekannten Hochaltar in der barockisierten Stiftskirche. Unter Abt Anton Moser wurden Konventstock und Bibliothek neu errichtet, der Abteisaal 1771 durch Franz Nikolaus Streicher freskiert. 1835 wurde dem Kloster das ehemalige Augustiner-Eremitenkloster in Salzburg-Mülln übertragen, wodurch die Mönche in den heutigen Stadtpfarren Mülln und Maxglan seelsorgliche Aufgaben übernahmen.

Während der nationalsozialistischen Herrschaft waren Schule und Kirche geschlossen, die Mönche vertrieben. Bald nach dem Krieg wurde das klösterliche Leben neu begonnen, 1950 konnte die reromanisierte Stiftskirche geweiht werden.

Unter dem Abt Nicolaus V. Wagner (1982 – 2006) setzte sich die zeitgemäße Erneuerung und tatkräftige Weiterentwicklung des Klosters fort. Sichtbarer Ausdruck dafür ist u.a. die Renovierung und Revitalisierung des gesamten ehemaligen Ökonomietrakts des Klosters als Schul- und Bildungszentrum und die Restaurierung der Stiftskirche mit der Errichtung der Eisenbarth-Orgel.

Die Mönche von Michaelbeuern versuchen durch die Führung einer Schule und eines Internates, jungen Menschen Hilfe bei einer ganzheitlichen Persönlichkeitsentwicklung zu geben. Das Exerzitien- und Bildungshaus will Menschen, die Stille, Besinnung und religiöse Vertiefung suchen, in Exerzitien, Einkehrtagen, Kloster auf Zeit und in Weiterbildung von pfarrlichen Mitarbeitern benediktinische Spiritualität vermitteln.Außerdem sind Mönche in drei Pfarreien in Stadt und Land Salzburg bzw. Oberösterreich als Pfarrseelsorger tätig.

Als Kulturerhalter bemüht sich die Abtei, die ihr seit Jahrhunderten anvertrauten Kirchenkulturgüter nicht nur in einem musealen Rahmen zugänglich zu machen, sondern sie eingebunden in ihre sakrale Umgebung und lebendige Funktion erlebbar zu machen.

Die Klosterführung beginnt im großen Abteihof und führt in das älteste Refektorium, den Kreuzgang, die Abteikirche, Marienkapelle, Chorkapelle, in die barocke Bibliothek und den Sommerchor sowie in den Abteisaal, der in der Rokokozeit von Franz Nikolaus Streicher mit Fresken ausgestattet wurde. Auf dem Rundgang der Führung sieht man neben den sehenswerten Räumen eine große Anzahl von Statuen und Gemälden, vor allem aus dem kirchlichen Bereich, sowie ausgewählte Exponate aus den klösterlichen Sammlungen, wie etwa Sturzgläser, Klosterarbeiten, Wachsmodel, Votivgaben und anderes.

Alljährlich werden besondere Kostbarkeiten aus der klösterlichen Sammlung in einer Sonderausstellung gezeigt.

Eine Klosterführung (inkl. Besichtigung der Sonderausstellung) ist auch ein idealer Programmpunkt für Reisegruppen, z.B. Pfarrausflüge, Seniorenausflüge .