Unter dem aus Irland stammenden Bischof Virgil wurde 784 das berühmte Verbrüderungsbuch von St. Peter angelegt, das belegt, mit welchen religiösen Zentren und Herrscherhäusern die junge Kirche von Salzburg Beziehungen unterhielt. Mit Erzbischof Arno (785-821) setzte sich die fränkisch-römische Auffassung von Kirche und Mönchtum durch. Auch eine erste Schreibschule ist damals in Salzburg nachweisbar. Die Benediktregel wurde wohl erst 987 zur Norm, als im Zuge der hochmittelalterlichen Kirchenreform Erzbistum und Abtei getrennt wurden. Mit Tito (987-1025) aus dem Reformkloster St. Emmeram in Regensburg erhielt St. Peter erstmals einen eigenen Abt. Nach dem Vorbild der Abtei Admont in der Steiermark wurde 1116 die Hirsauer Reform eingeführt. Unter deren Einfluss entstanden um 1130 die Petersfrauen, eine Gemeinschaft von Nonnen, die der Jurisdiktion des Abtes von St. Peter unterstanden. Diese Frauengemeinschaft, die auch ein eigenes Skriptorium vorzuweisen hatte, bestand bis zu ihrer gewaltsamen Auflösung 1583.

Prachtvolle illuminierte Handschriften wie das berühmte Antiphonar von St. Peter sind ein Zeugnis für die besondere Blüte des Klosters im 12. Jahrhundert. Damals errichteten die Mönche von St. Peter auch den Almkanal, einen begehbaren mittelalterlichen Stollen zur Wasserführung durch den Mönchsberg, der eine Pionierleistung europäischer Bautechnik darstellt. 1431 wurde die Melker Reform eingeführt, die Mönche besannen sich wieder auf die authentischen Ursprünge ihres Lebens nach der Benediktregel. Kardinal Matthäus Lang setzte 1522 die Wahl des Augustiner-Eremiten Dr. Johannes von Staupitz, des Ordensoberen, Freundes und Seelenführers von Martin Luther, zum Abt von St. Peter durch.

Erzbischof Paris Lodron errichtete 1622 eine Universität, die er den Benediktinern anvertraute. Sie bestand bis 1810 und prägte entscheidend das Leben in St. Peter. Bekannter als das wissenschaftliche Engagement sind die Beziehungen des Klosters zu Wolfgang Amadeus Mozart und Johann Michael Haydn, die eine große Anzahl von Werken für das Kloster komponierten. Heute beherbergt das Stift die J. M. Haydn – Gedenkstätte.Die Abtei überstand die Säkularisation 1803, aber die Mönche mussten zunehmend pastorale Verantwortung übernehmen, so auch 1824 den Wallfahrtsort Maria Plain.

Mit großem Sachverstand legte man in dieser Zeit kunsthistorische und naturwissenschaftliche Sammlungen an. Die Äbte von St. Peter hatten auch bedeutenden Anteil an der Gründung der Österreichischen Benediktinerkongregation. Abt Willibald Hauthaler (1901 – 1922) gab das Salzburger Urkundenbuch heraus und Abt Petrus Klotz errichtete unter großen Opfern 1926 das Kolleg St. Benedikt, ein Studienhaus für Benediktiner. Dafür wurde dem Kloster 1927 der Titel einer Erzabtei verliehen. Die Weltwirtschaftskrise zwang das Kloster zum Verkauf seiner bedeutendsten Kunstschätze. In der Nazidiktatur war St. Peter 1942 – 1945 aufgehoben. Nach 1945 konnte das Kloster wiedererstehen. Das II. Vatikanische Konzil ermöglichte der Gemeinschaft nach 1965 wertvolle innere und äußere Reformen.

Konventgebäude und Kreuzgang liegen im Klausurbereich und sind daher nicht öffentlich zugänglich. Stiftskirche, Stiftshof, Kolleghof sowie der weltberühmte Friedhof können hingegen besichtigt werden. Bedeutend sind der mittelalterliche Handschriftenschatz und die Kunstsammlungen des Klosters sowie der Reichtum an liturgischem Gerät.

Die nicht öffentlich zugängliche Prälatur birgt eine Reihe wertvoller Gemälde und Möbel. Die aus dem 12. Jahrhundert stammende Stiftskirche wurde als Zentrum der Mönchsgemeinschaft immer wieder mit kostbarem Interieur ausgestattet und ist heute vom Stil des Rokoko und Frühklassizismus geprägt.

Die Altarblätter von Johann Martin Schmidt, der leichte Stuck von Benedikt Zöpf und der fröhliche Figurenschmuck von Lorenz Hörmbler geben dem Sakralbau menschliche Wärme.