Das Museum beherbergt einen Ausstellungsbereich zur Ur- und Frühgeschichte in dem der Erzreichtum der Region und dessen Abbau thematisiert wird, sowie reichhaltige archäologische Funde, vor allem des Biberges, jenes Burgberges, der in vorrömischer Zeit das Zentrum des Gebiete darstellte. Die Mineralogie bzw. Geologie der Region werden in einem eigenen Bereich ausgestellt. Einen weiteren Schwerpunkt bilden die römischen Fresken von Saalfelden-Wiesersberg.

Neben den vorgenannten Ausstellungen beherbergt das Museum neben vielen Darstellungen der bäuerlichen Saalfeldner Lebenswelt eine große Anzahl volkskundlich wertvoller Exponate. Hervorzuheben sind die bedeutende Krippensammlung des Krippensammlers und -bauers Xandi Schläfer sowie eine umfangreiche Votivbildersammlung. Eine besondere Position nehmen die Werke des Aquarellisten Gottfried Salzmann sowie die Ausstellung zum Thema Wallfahrt ein.